A més del procés de disseny i fabricació del liofilitzador, la forma de cada peça també afecta la qualitat i la vida útil de la màquina. Entre les parts de la màquina de liofilització, la bomba de buit de la nevera i la bomba de circulació són més importants, perquè gairebé sempre estan en funcionament mentre es faci la liofilització.
La nevera es pot dividir en tipus obert, tipus semi-tancat i tipus totalment tancat. El motor i el compressor de la nevera de tipus obert estan separats i accionats per corretja o acoblament, de manera que el segell de l'eix és fàcil de filtrar. El motor de la nevera de tipus semitancat es col·loca en un sense segell de l'eix, de manera que es redueix la fuita d'aire. El tipus totalment tancat segella completament el motor i el compressor en un cilindre d'acer, per tal d'eliminar les fuites d'aire, generalment, els refrigeradors grans i mitjans es converteixen en tipus oberts o semitancats i els petits mecanismes de refrigeració es transformen en tipus totalment tancats. .
Per reduir la possibilitat de fuites d'aire, la nevera del liofilitzador ha d'estar tancada o totalment tancada. A més, per augmentar la fiabilitat del liofilitzador, la nevera del liofilitzador gran no hauria de ser una, sinó que diverses màquines independents treballen juntes perquè els productes liofilitzats no es facin malbé en cas de fallada d'un en ús.
La majoria de les bombes de buit del liofilitzador utilitzen dos tipus de bombes, una és la bomba de buit rotativa del segell d'oli i l'altra és la bomba d'arrels, també coneguda com a bomba de reforç mecànica. Alguns liofilitzadors utilitzen una bomba de buit de paletes rotatives de dues etapes, que pot complir els requisits de buit. Alguns liofilitzadors utilitzen una bomba de segell d'oli d'una sola etapa i una bomba d'arrels per treballar junts. Els efectes dels dos mètodes són bàsicament els mateixos.
La bomba de buit segellada amb oli serà una bomba de connexió directa d'alta velocitat amb un volum petit i una gran velocitat de bombeig. No ha de ser una bomba de buit accionada per corretja, i la bomba de les arrels també ha de ser una bomba connectada directament. No hauria de ser accionat per corretja, sinó transmissió hidràulica en la mesura del possible. Aquesta bomba d'arrels es pot iniciar al mateix temps que la bomba de buit segellada amb oli a pressió atmosfèrica. Alguns liofilitzadors requereixen bombes de buit sense oli. La bomba de circulació s'ha de protegir perquè no hi haurà fuites d'oli. Si hi ha un segell d'oli en una connexió directa, es produirà una fuita d'oli.
