El procés de l'assecador de congelació es divideix principalment en dues etapes, una és l'etapa de congelació i l'altra és l'etapa de buit (també anomenada fase d'assecat o sublimació). Molta gent pensa que com més baixa sigui la temperatura de congelació i el buit en l'etapa d'assecat, millor quan s'utilitza un liofilitzador, però aquest no és el cas.
Les característiques de cada material són diferents, de manera que els seus punts de cristal·lització són diferents. La temperatura de congelació i la temperatura de captura d'aigua a l'etapa de congelació de l'assecador de congelació es determinen principalment segons les característiques del propi material, no com més baix sigui millor, i la temperatura és massa baixa. Malgastar energia i, en segon lloc, allargar el temps dels materials a la liofilitzadora.
L'etapa d'assecat es pot dividir en pre-assecat, assecat primari i assecat secundari. L'aplicació de cada etapa i el grau d'assecat que es pot aconseguir depenen principalment del procés d'assecat.
El pre-assecat de la liofilitzadora fa referència a la primera etapa d'assecat que elimina principalment la humitat lliure; l'assecat primari de la liofilització es refereix a l'etapa d'assecat que elimina principalment la humitat lliure, i el primer assecat només es pot dur a terme al buit; el segon assecat de la liofilització Fa referència a l'etapa d'assecat des de la liofilització fins a l'eliminació completa de la humitat continguda en l'estat polimèric sòlid.
